Die weltweite Reputation des Fraunhofer IESE ist nicht zuletzt auf die länderübergreifende Zusammenarbeit mit weiteren Forschungseinrichtungen und Projektpartnern zurückzuführen, welche mittlerweile fünf Kontinente umfasst:

• Nordamerika, mit unserer Schwesterorganisation »Fraunhofer Center Maryland FC-MD«, in enger Zusammenarbeit mit der University of Maryland und vielen Partnern des International Software Engineering Research Network (ISERN) in den USA und Kanada
• Europa, mit zahlreichen strategischen Projekten (z. B. mit Ungarn auf dem Gebiet »Ambient Intelligence «) 
• Asien, mit dem Schwerpunkt auf Japan, China und Indien
• Australien, mit unserer engen Kooperation mit dem National ICT Australia (NICTA)
• Südamerika, mit unseren Partnern innerhalb von ISERN